การทำงานขององค์กรพัฒนาเอกชน มีลักษณะงานที่แตกต่างหลายหลากตามประเด็นเนื้อหาที่แต่ละองค์กรได้เข้าไปเกี่ยวข้อง โดยแยกภารกิจตามประเด็นงาน และกลุ่มเป้าหมายต่าง ๆ เช่น งานด้านเอดส์ ทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม แรงงาน สตรี เด็ก ชนเผ่า สิทธิมนุษยชน ชุมชนเมือง เกษตรกรรมทางเลือก สาธารณสุขและการคุ้มครองผู้บริโภค การศึกษาทางเลือก การเมือง เป็นต้น ซึ่งโดยภาพรวมแล้วองค์กรพัฒนาเอกชนต่างก็มุ่งหวังที่จะผลักดันให้เกิดสังคมที่เป็นธรรม และการพัฒนาที่ยั่งยืน

ลักษณะงานที่องค์กรพัฒนาเอกชนเข้าไปเกี่ยวข้องและผลักดันกับการพัฒนาสังคมไทยที่ผ่านมา ได้แก่

การเสริมสร้างความเข้มแข็งขององค์กรชาวบ้าน ในการเข้ามามีบทบาทกำหนดทิศทางการพัฒนาและแก้ไขปัญหาด้วยตัวเองในทุกระดับ

การรณรงค์พิทักษ์สิทธิที่ดินทำกินและอนุรักษ์ฟื้นฟูระบบนิเวศน์ การสนับสนุนองค์กร/เครือข่ายชาวบ้านในการสร้างแบบแผนการพัฒนาและปกป้องทรัพยากรธรรมชาติ (ดิน น้ำ ป่า) โดยอาศัยวัฒนธรรม และภูมิปัญญาของชุมชนเป็นพื้นฐานสำคัญ การรณรงค์สร้าง ความเข้าใจและลดความขัดแย้ง แย่งชิงทรัพยากร ระหว่างภาครัฐ ภาคธุรกิจ กับชุมชน การผลักดันการออกกฎหมายรองรับสิทธิในการจัดการทรัพยากรธรรมชาติของชุมชน (พ.ร.บ.ป่าชุมชน)

การรณรงค์ประชาธิปไตย การตรวจสอบอำนาจ รัฐ การสร้างการตื่นตัวของประชาชนกลุ่มต่าง ๆ ในการเข้ามามีส่วนร่วมในการแสดงความคิดเห็นในทางการพัฒนา การ สนับสนุนการเรียนรู้ของประชาชนด้านนโยบายและกฎหมาย รวมถึงปัญหาสิทธิของประชาชนในส่วนต่าง ๆ

การส่งเสริมเกษตรกรรมทางเลือก การพัฒนาค้นคว้ารูปแบบการเกษตรที่จะยังให้ชาวบ้านอยู่รอดทางเศรษฐกิจ สอดคล้องกับระบบนิเวศน์และภูมิปัญญาพื้นบ้าน สามารถเป็นฐานสำคัญในการพัฒนาคุณภาพชีวิตที่ดีของชุมชน การเสริมสร้างเครือข่ายระหว่างเกษตรกรที่ทำเกษตรกรรมทางเลือก การรณรงค์ปัญหาและข้อจำกัดการเกษตรเชิงพาณิชย์ การผลักดันนโยบายการพัฒนาและส่งเสริมเกษตรกรรมทางเลือก

การส่งเสริมบทบาทและพัฒนาสตรี การเสริมประสิทธิภาพด้านการบริหารจัดการกลุ่มและกิจกรรมเสริมรายได้ อาทิ หัตถกรรม อาชีพทางเลือก ธุรกิจชุมชน การผลิต การแปรรูปสินค้าต่าง ๆ การรณรงค์ผลักดันการเข้ามามีส่วนร่วมในการกำหนดทิศทางการพัฒนาของท้องถิ่น การรณรงค์ด้านปัญหาและสิทธิของสตรี การสนับสนุนการสร้างเครือข่ายสตรีระดับภาคและประเทศ

การรณรงค์ ส่งเสริมการพิทักษ์สิทธิเด็ก การสนับสนุนและผลักดันให้เด็กได้รับการพัฒนาอย่างสมวัย การรณรงค์ผลักดันการแก้ไขปัญหาการละเมิดสิทธิเด็กรูปแบบต่าง ๆ การผลักดันการตราหรือแก้ไขกฎหมาย / กฎระเบียบที่เกี่ยวข้องกับเด็ก

การรณรงค์ พิทักษ์สิทธิและช่วยเหลือผู้ติดเชื้อ การรณรงค์ป้องกัน การสร้างความเข้าใจที่ถูกต้องของสังคมต่อปัญหาเอดส์ การอยู่ร่วมกับผู้ติดเชื้อ ปัญหาด้านการละเมิดสิทธิของผู้ติดเชื้อ การสนับสนุนการหาทางเลือกการแก้ไขปัญหาของผู้ติดเชื้อ อาทิ การรวมกลุ่มช่วยเหลือกันของผู้ติดเชื้อ การรื้อฟื้นการแพทย์ / หมอพื้นบ้าน สมุนไพร การผลักดันจัดตั้งกองทุนสวัสดิการ กลไกและงบประมาณรองรับ รวมถึงกฎหมายที่เกี่ยวข้อง

การรณรงค์ ส่งเสริมสิทธิด้านต่าง ๆ ของชนเผ่า สิทธิในการได้รับบัตรประชาชนในฐานะพลเมืองไทยโดยสมบูรณ์ การผลักดันการมีส่วนร่วมในการกำหนดทิศทางการพัฒนาบนพื้นฐานภูมิปัญญาวิถีชีวิตและวัฒนธรรมที่มีอยู่อย่างหลากหลายของแต่ละชนเผ่า ไม่ว่าจะเป็นด้านการรักษาทรัพยากรธรรมชาติ การศึกษาภาษา การผลิต การประกอบอาชีพ ฯลฯ

การสนับสนุน และส่งเสริมสิทธิของประชาชนในชุมชนแออัด การรณรงค์ให้สังคมเข้าใจปัญหาของชุมชนแออัด การผลักดันสิทธิการได้รับการสนับสนุนการพัฒนาขั้นพื้นฐาน (สาธารณูปโภค สาธารณูปการ) จากรัฐ การจัด ตั้งกองทุนสนับสนุนการพัฒนาชุมชน การผลักดันพระราชบัญญัติชุมชนแออัด