คำถามที่สาธารณชนมักจะตั้งคำถาม ต่อการทำงานขององค์กรพัฒนาเอกชน คือ การรับเงินสนับสนุนจากต่างประเทศ ซึ่งคงจะไม่ปฏิเสธว่า ในการดำเนินงานขององค์กรพัฒนาเอกชนนั้น ได้รับการสนับสนุนจากแหล่งเงินทุนต่างประเทศ ที่ได้เข้ามาช่วยเหลือการดำเนินงานของเอ็นจีโอในประเด็นปัญหาต่าง ๆ

หากมองย้อนไปในช่วงปลายแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ ๓ ที่มี เอ็นจีโอ ต่างประเทศได้เข้ามาทำงานช่วยผู้ลี้ภัย พวกเขาได้เห็นความแตกต่างระหว่างผู้อพยพต่างชาติที่เป็นผู้ลี้ภัยในค่ายอพยพกับคนของแผ่นดินตนเอง ที่คุณภาพชีวิตของคนในค่ายอพยพหลายคน คุณภาพชีวิตดีกว่าคนบนแผ่นดินนี้เสียอีก จึงทำให้ เอ็นจีโอ ต่างประเทศบางคน คิดว่าไม่ชอบธรรม จึงได้คิดโครงการต่าง ๆ ขึ้นมาทำงานกับคนไทย ( ในช่วงปี ๒๕๒๑-๒๕๒๓ ) เอ็นจีโอที่ทำงานอยู่ในค่ายอพยพได้แตกตัวออกมาทำงานพัฒนาสังคมแถบพื้นที่ชายแดน โดยได้เริ่มในพื้นที่ภาคอีสาน

ปี ๒๕๒๓-๒๕๒๖ เอ็นจีโอได้ขยายตัวมากขึ้น โดยได้รับการสนับสนุนด้านเงินทุนจากเอ็นจีโอต่างประเทศ เช่น ยูเสด ญี่ปุ่น ออสเตรเลีย หรือประเทศอื่น ๆ ซึ่งเอ็นจีโอ ต่างประเทศเหล่านี้ จะได้รับเงินทุนสนับสนุนจากรัฐบาลประเทศของเขาส่วนหนึ่ง และอีกส่วนหนึ่งเป็นเงินบริจาคที่ได้รับจากการจัดกิจกรรมหารายได้การกุศลของเขาเอง นำไปส่งเสริมพันธมิตรของเขาในประเทศที่รัฐบาลของเขาให้การช่วยเหลือผ่านรัฐบาลเจ้าภาพ

ตัวอย่างองค์กรเงินทุนต่างประเทศที่สนับสนุนองค์กรพัฒนาเอกชนไทย

MISEREOR ( THE GERMAN CATHOLIC ACTION FOR DEVELOPMENT ) เป็นองค์กรคาทอลิค ในเยอรมันนี ก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. ๑๙๕๙ ( พ.ศ. ๒๕๐๒) มีฐานะเป็นองค์กรเอกชนที่ไม่แสวงหากำไร ดำเนินงานภายใต้การดูแลของคณะกรรมการที่ประชุมร่วมบิช๊อบ เยอรมันนี เงินงบประมาณที่ใช้ ได้มาจากการรณรงค์ในฤดูถือบวชประจำปีของชาวคาทอลิค รวมทั้งบริจาคและกองทุนสมทบอื่น ๆ ในเยอรมันนี วัตถุประสงค์ให้ทุนเพื่อช่วยเหลือผู้ได้รับความเดือดร้อน

BROT FUR DE WELT มีความเป็นมาคือ หลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ องค์กรศาสนาต่าง ๆ ในเยอรมันนี ได้รับการอุปถัมภ์จากองค์กรศาสนาอื่น ๆ ซึ่งเป็นสมาชิกของ WORLD COUNCIL OF CHURCHES ซึ่งได้ให้ความสนใจต่อการบรรเทาความเดือดร้อน ความยากจนและความเจ็บป่วยในประเทศอื่น ๆ ทั่วโลก

NOVIB ริเริ่มก่อตั้งขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๕๔ ( พ.ศ. ๒๔๙๗ ) โดยความร่วมมือระหว่างกลุ่ม PLEIN กับคณะ กรรมการ HUGENHOLZ มีจุดมุ่งหมายเพื่อให้องค์กรและหน่วยงานต่าง ๆ ในเนเธอร์แลนด์รวมตัวเป็นเอกภาพ เพื่อร่วมแก้ไขปัญหาในประเทศต่าง ๆ

ICCO เป็นองค์กรเอกชนที่สนับสนุนกิจกรรมการพัฒนาในประเทศโลกที่สาม ก่อตั้งขึ้นเมื่อ ค.ศ. ๑๙๖๔ โดยความร่วมมือระหว่างองค์กรศาสนาต่าง ๆ ซึ่งส่วนใหญ่จะเป็นโปรเตสแตนด์ในเนเธอร์แลนด์

APHD ก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. ๑๙๗๗ โดยพัฒนามาจาก ASIA FUND ซึ่งได้รับความสนับสนุนร่วมมือจากองค์กรพัฒนาคาทอลิก ในออสเตรเลียและแคนาดา

CEBEMO เป็นองค์กรทางศาสนาคาทอลิกในประเทศเนเธอร์แลนด์ ซึ่งจะได้รับทุนสนับสนุนจากรัฐบาลเนเธอร์แลนด์ทั้งหมด

TERRE DES HOMME เป็นองค์กรการกุศล ไม่จำกัดลัทธิศาสนา เริ่มก่อตั้งขึ้นในประเทศสวิตเซอร์แลนด์ และขยายไปในประเทศอื่น ๆ ทั้งในและนอกทวีปยุโรป ได้รับเงินทุนจากการรณรงค์หาทุนและการร่วมทุนกับ CIDA

องค์กรต่างประเทศจะให้ความสำคัญกับการบริจาคเพื่อการพัฒนาให้กับผู้ด้อยโอกาส และได้รับการสนับสนุนมาก จากสถาบันศาสนา ดังนั้นองค์การต่างประเทศที่เห็นความสำคัญของการพัฒนาและต้องการส่งเสริมการพัฒนาสังคม ในประเทศที่กำลังพัฒนา อาทิ องค์กรพัฒนาเอกชนต่างประเทศ องค์การสหประชาชาติ รัฐบาลแคนาดา รัฐบาลเยอรมัน ฯลฯ จึงให้เงินบริจาคตามโครงการต่าง ๆ ที่ เอ็นจีโอเสนอ โดยการขอทุนเขียนโครงการ ๑ ปี หรือ ๓ ปี แล้วแต่กรอบกติกาของแหล่งทุนโดยจะเลือกรับการสนับสนุนจากแหล่งทุนที่มีความจริงใจ อยากเห็นสังคมดีขึ้น และอยากช่วยเหลือประเทศโลกที่ ๓ ซึ่งการใช้เงินของเอ็นจีโอก็ต้องมีความโปร่งใสและตรวจสอบได้ มิฉะนั้นจะไม่ได้รับการสนับสนุน

ทว่าในปัจจุบันแหล่งทุนจากต่างประเทศ เริ่มมองว่าประเทศไทยเป็นประเทศที่พัฒนาแล้ว จะให้การสนับสนุนแก่ประเทศเพื่อนบ้านเรา ( ลาว พม่า เวียดนาม กัมพูชา ) แทนหากจะถามว่า ทำไมต้องรับเงินต่างประเทศ ต่างประเทศเขาจะใช้เอ็นจีโอเป็นเครื่องมือการสร้างความไม่มั่นคงในประเทศ และคิดจะยึดประเทศหรืออย่างไร

ในประเด็นนี้ รัฐบาลไทยก็ได้รับเงินจากประเทศ ต่าง ๆ เหล่านี้เช่นเดียวกัน และเป็นแหล่งทุนเดียวกันด้วย นอกจากนี้แหล่งเงินทุนที่สนับสนุนการทำงานของเอ็นจีโอ ได้มาจากการบริจาคภายในประเทศ ซึ่งส่วนใหญ่จะเป็นองค์กรที่ทำงานกับกลุ่มผู้ด้อยโอกาสด้านเด็ก ซึ่งสังคมมองเห็นชัดเจน และการสนับสนุนจากรัฐบาล ซึ่งมีกองทุนของกรม กระทรวงต่าง ๆ ที่เห็นความสำคัญของเอ็นจีโอ ได้เข้ามาสนับสนุนงานด้านการพัฒนา เช่น กองทุนสิ่งแวดล้อมของกระทรวงวิทยาศาสตร์เทคโนโลยี และสิ่งแวดล้อม กรมประชาสงเคราะห์ของกระทรวงแรงงานและ สวัสดิการสังคม เป็นต้น ซึ่งก็ขึ้นกับประเด็นทางการเมืองเข้ามาแทรก ถ้ารัฐบาลชุดไหนไม่ชอบเอ็นจีโอ ก็จะจำกัดงบประมาณการสนับสนุนงานขององค์กรพัฒนาเอกชน เช่น งบประมาณปี ๒๕๔๔ ซึ่งถูกรัฐบาล ( ยุคชวน หลีกภัย ) ตัดงบประมาณการสนับสนุนหน่วยงานองค์กรพัฒนาเอกชนจำนวนมาก